牛miR-320a的靶基因预测及生物信息学分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2015.11.006

畜牧兽医学报 ›› 2015, Vol. 46 ›› Issue (11): 1952-1960.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2015.11.006

牛miR-320a的靶基因预测及生物信息学分析

郭云涛，张秀秀，苗向阳^*

（中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，北京 100193）

收稿日期:2014-12-24 出版日期:2015-11-23 发布日期:2015-11-23
通讯作者: 苗向阳，研究员，博士，博士生导师，主要从事基因工程与功能基因组学及转基因动物研究，E-mail：mxy32@sohu.com
作者简介:郭云涛（1988-），男，河南南阳人，硕士，主要从事转基因与细胞工程研究，E-mail：yuntao008@126.com
基金资助:
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(2013ywf-yb-5；2013ywf-zd-2)；中国农业科学院农业科技创新项目(ASTIP-IAS05)；转基因生物新品种培育科技重大专项(2009ZX08008-004B；2008ZX08008-003)；国家“863”计划项目(2008AA10Z140)；国家自然科学基金项目（30571339）；中国农业科学院创新基金项目（2004-院-1）

Target Gene Prediction and Bioinformatics Analysis of bta-miR-320a

GUO Yun-tao，ZHANG Xiu-xiu，MIAO Xiang-yang^*

(Institute of Animal Science，Chinese Academy of Agricultural Sciences，Beijing 100193，China)

Received:2014-12-24 Online:2015-11-23 Published:2015-11-23

摘要/Abstract

摘要：

旨在对bta-miR-320a的靶基因进行生物信息学预测和分析，探索其影响牛脂肪沉积的作用机制。本试验利用Promoter Scan、TargetScan、DAVID、Cytoscape等生物信息学软件和miRBase、Ensembl、NCBI、miRWalk等数据库对bta-miR-320a进行转录因子结合位点预测、保守性分析、靶基因预测、基因本体论富集分析和信号通路富集分析。结果表明，miR-320(a)在各物种间非常保守，bta-miR-320a启动子区域有SP1等多个转录因子结合位点，获得的84个靶基因主要参与负调控细胞分化、细胞周期、负调控生长等多个生物学过程，涉及p53、细胞周期和MAPK等信号转导通路。由此推测，bta-miR-320a受到SP1等多种转录因子调控，它可能通过对MAPK、细胞周期和p53信号通路中靶基因TP53、MAPK1等的抑制作用调控牛脂肪细胞分化，进而影响了牛的脂肪沉积。

Abstract:

The prediction and analysis of bta-miR-320a target genes by bioinformatics were performed to explore its effect on the fat deposition in bovine.In this study，bioinformatics tools such as Promoter Scan，TargetScan，DAVID，Cytoscape and databases for example miRBase，Ensemble，NCBI，miRWalk，et al were used to perform the prediction of the transcription factor binding site and the analysis of its target genes，involved Gene ontology and KEGG pathway.As a result，miR-320(a) was very conservative among various species.There were many different transcription factor binding sites in the bta-miR-320a promoter area.Eighty-four target genes were obtained in total which involved in multiple biological processes such as negative regulation of cell differentiation，regulation of cell cycle and negative regulation of growth and participated in p53，cell cycle and MAPK signal pathways.We assumed that bta-miR-320a is regulated by different transcription factors，and it can also regulate the adipocyte differentiation and fat deposition in bovine by post transcriptional inhibiting of its target genes involved in p53，cell cycle and MAPK signal pathways.

中图分类号:

S823
S813.3

郭云涛，张秀秀，苗向阳. 牛miR-320a的靶基因预测及生物信息学分析[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(11): 1952-1960.

GUO Yun-tao，ZHANG Xiu-xiu，MIAO Xiang-yang. Target Gene Prediction and Bioinformatics Analysis of bta-miR-320a[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2015, 46(11): 1952-1960.

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